Es ist schwer, sowas pauschal zu beantworten.
Der E50 ist schon so alt, dass es schwierig ist, einen gut Gepflegten zu finden, die Besitzer dieser Wagen trennen sich in der Regel nur durch ihr Ableben von ihm und das gilt auch fast für den EA0.
Betrachtet man rein mechanische Qualitäten, dann scheint der E50 solider und weniger anfällig für Rost. Das mit der Automatik würde ich persönlich nicht in Betracht ziehen, es sei denn, es muss unbedingt sein. Zum E50 2.0 V6 passt eine Automatik nicht, der Motor ist eine klassische Drehorgel, ein Meisterwerk zwar, aber in der Praxis ohne Vorteile. Der 2.0 Vierzylinder hält ewig, auch eine Automatik da dran, wenn also, dann den. Der 2,5 V6 ist voll mit aller innovativer Technik, die es damals gab und deswegen war er recht teuer. So einen mit allen funktionierenden Komponenten zu finden ist wie ein Sechser im Lotto und entsprechend aufwändig zu warten.
Der einzige Vorteil des EA0 (abgesehen vom agressiveren Aussehen) ist, dass es einen Kombi gibt (dafür kein Fließheck). Bei Laufleistungen ab 150000km sind Häufungen bei Automatikgetriebeschäden bekannt. Einen guten EA0 zu finden ist noch möglich aber nicht einfach.

Es sollte klar sein, dass beide Baureihen entsprechende Kosten für Unterhalt, Wartung, Versicherung und Ersatzteile haben. Es gibt einige Bauteile einfach nicht von Drittanbietern und auf Grund des Alters kann es sein, dass einige Teile neu nicht mehr verfügbar sind, die grundliegende Ersatzteilversorgung ist aber gesichert.